Phân tích số liệu và biểu đồ bằng R Nguyễn Văn Tuấn 1 Phân tích số liệu và biểu đồ bằng Nguyễn Văn Tuấn Garvan Institute of Medical Research Sydney, Australia Phân tích số liệu và biểu đồ bằng R Nguyễn Văn Tuấn 2 Mục lục 1 Tải R xuống và cài đặt vào máy tính 4 2 Tải R package và cài đặt vào máy tính 6 3 “Văn phạm” R 7 3.1 Cách đặt tên trong R 9 3.2 Hỗ trợ trong R 9 4 Cách nhập dữ liệu vào R 10 4.1 Nhập số liệu trực tiếp: c() 10 4.2 Nhập số liệu trực tiếp: edit(data.frame()) 12 4.3 Nhập số liệu từ một text file: read.table 13 4.4 Nhập số liệu từ Excel 14 4.5 Nhập số liệu từ SPSS 15 4.6 Thông tin về số liệu 16 4.7 Tạo dãy số bằng hàm seq, rep và gl 17 5 Biên tập số liệu 19 5.1 Tách rời số liệu: subset 19 5.2 Chiết số liệu từ một data .frame 20 5.3 Nhập hai data.frame thành một: merge 21 5.4 Biến đổi số liệu (data coding) 22 5.5 Biến đổi số liệu bằng cách dùng replace 23 5.6 Biến đổi thành yếu tố (factor) 23 5.7 Phân nhóm số liệu bằng cut2 (Hmisc) 24 6 Sử dụng R cho tính toán đơn giản 24 6.1 Tính toán đơn giản 24 6.2 Sử dụng R cho các phép tính ma trận 26 7 Sử dụng R cho tính toán xác suất 31 7.1 Phép hoán vị (permutation) 31 7.2 Biến số ngẫu nhiên và hàm phân phối 32 7.3 Biến số ngẫu nhiên và hàm phân phối 32 7.3.1 Hàm phân phối nhị phân (Binomial distribution) 33 7.3.2 Hàm phân phối Poisson (Poisson distribution) 35 7.3.3 Hàm phân phối chuẩn (Normal distribution) 36 7.3.4 Hàm phân phối chuẩn chuẩn hóa (Standardized Normal distribution) 38 7.4 Chọn mẫu ngẫu nhiên (random sampling) 41 8 Biểu đồ 42 8.1 Số liệu cho phân tích biểu đồ 42 8.2 Biểu đồ cho một biến số rời rạc (discrete variable): barplot 44 8.3 Biểu đồ cho hai biến số rời rạc (discrete variable): barplot 45 8.4 Biểu đồ hình tròn 46 8.5 Biểu đồ cho một biến số liên tục: stripchart và hist 47 8.5.1 Stripchart 47 8.5.2 Histogram 48 8.6 Biểu đồ hộp (boxplot) 49 8.7 Phân tích biểu đồ cho hai biến liên tục 50 8.7.1 Biểu đồ tán xạ (scatter plot) 50 8.8 Phân tích Biểu đồ cho nhiều biến: pairs 53 Phân tích số liệu và biểu đồ bằng R Nguyễn Văn Tuấn 3 8.9 Biểu đồ với sai số chuẩn (standard error) 54 9 Phân tích thống kê mô tả 55 9.1 Thống kê mô tả (descriptive statistics, summary) 55 9.2 Thống kê mô tả theo từng nhóm 60 9.3 Kiểm định t (t.test) 61 9.3.1 Kiểm định t một mẫu 61 9.3.2 Kiểm định t hai mẫu 62 9.4 Kiểm định Wilcoxon cho hai mẫu (wilcox.test) 63 9.5 Kiểm định t cho các biến số theo cặp (paired t-test, t.test) 64 9.6 Kiểm định Wilcoxon cho các biến số theo cặp (wilcox.test) 65 9.7 Tần số (frequency) 66 9.8 Kiểm định tỉ lệ (proportion test, prop.test, binom.test) 67 9.9 So sánh hai tỉ lệ (prop.test, binom.test) 68 9.10 So sánh nhiều tỉ lệ (prop.test, chisq.test) 69 9.10.1 Kiểm định Chi bình phương (Chi squared test, chisq.test) 70 9.10.2 Kiểm định Fisher (Fisher’s exact test, fisher.test) 71 10 Phân tích hồi qui tuyến tính 71 10.1 Hệ số tương quan 73 10.1.1 Hệ số tương quan Pearson 73 10.1.2 Hệ số tương quan Spearman 74 10.1.3 Hệ số tương quan Kendall 74 10.2 Mô hình của hồi qui tuyến tính đơn giản 75 10.3 Mô hình hồi qui tuyến tính đa biến (multiple linear regression) 82 11 Phân tích phương sai 85 11.1 Phân tích phương sai đơn giản (one-way analysis of variance) 85 11.2 So sánh nhiều nhóm và điều chỉnh trị số p 87 11.3 Phân tích bằng phương pháp phi tham số 90 11.4 Phân tích phương sai hai chiều (two-way ANOVA) 91 12 Phân tích hồi qui logistic 94 12.1 Mô hình hồi qui logistic 95 12.2 Phân tích hồi qui logistic bằng R 97 12.3 Ước tính xác suất bằng R 101 13 Ước tính cỡ mẫu (sample size estimation) 103 13.1 Khái niệm về “power” 104 13.2 Số liệu để ước tính cỡ mẫu 106 13.4 Ước tính cỡ mẫu 107 13.4.1 Ước tính cỡ mẫu cho một chỉ số trung bình 107 13.4.2 Ước tính cỡ mẫu cho so sánh hai số trung bình 108 13.4.3 Ước tính cỡ mẫu cho phân tích phương sai 110 13.4.4 Ước tính cỡ mẫu để ước tính một tỉ lệ 111 13.4.5 Ước tính cỡ mẫu cho so sánh hai tỉ lệ 112 14 Tài liệu tham khảo 115 15 Thuật ngữ dùng trong sách 117